Фамилия Аптинова образована от мужского имени Аптин, которое в русской традиции выступало либо как народная форма крестильного имени Авктин (от греческого «ауксе» — расти, увеличиваться), либо как самостоятельное тюркское имя. Второй вариант вероятнее: в тюркских языках, в частности у татар и башкир, слово «апты» или «апти» означает «растерянный», «оторопевший» — так в быту могли прозвать человека задумчивого, медлительного или, наоборот, суетливого. Не исключено и влияние арабского «абд» (раб) в составе сложных имён вроде Абдуллы, но в фамилии Аптинова эта связь прослеживается слабо.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей?» — сын Аптина). Форма Аптинова — женский вариант, но исторически фамилия в такой записи могла закрепиться за целым родом через вдову или дочь. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилии с корнем «Апт-» встречаются в Поволжье и на Урале, где смешивались славянские и тюркские антропонимы. Например, в документах Казанской губернии упоминаются крестьяне Аптины — вероятно, выходцы из татарских или чувашских деревень, принявшие православие.

Редкость фамилии в том, что она избежала массового распространения. В отличие от распространённых «Ивановых» или «Кузнецовых», Аптинова почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал — Татарстан, Башкортостан и Оренбуржье. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии были либо крещёными татарами, либо русскими, жившими в полиэтничной среде и перенявшими местное прозвище. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна корень «Апт-» не выделен отдельно, что подтверждает его региональный, а не общерусский характер.

Если отталкиваться от тюркской версии, то первый Аптин мог быть человеком с рассеянным или созерцательным нравом — прозвище давали не в укор, а как бытовую примету. В крестьянском быту такие «клички» нередко становились фамилиями, особенно если человек выделялся не ремеслом, а характером. Таким образом, Аптинова — не «профессиональная» фамилия вроде Кузнецова, а скорее «прозвищная», что делает её более личной и менее типовой.