Фамилия Аптуков — редкий пример того, как тюркское имя, пройдя через диалектную обработку, закрепилось в русской фамильной модели с суффиксом -ов. Этот суффикс — самый распространённый в русских фамилиях, он отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын» или «потомок» того, кто носил исходное имя. То есть Аптуков — буквально «сын Аптука».

Имя Аптук, лёгшее в основу, — это местный, диалектный вариант более сложного составного имени Габдетукай или Гаптукай. Тюркские языки часто стягивают имена: начальный слог «габ» или «гап» мог редуцироваться до простого «ап», так и появилась форма Аптук. Само же имя Габдетукай состоит из двух корней. Первый — «габде» («абд» в арабском) — означает «раб» или «слуга», и в сочетании с «Аллах» даёт значение «раб Аллаха», что типично для мусульманских имён. Вторая часть — «тукай» — имеет монгольские корни и означает «пойма реки», «излучина» или «место, поросшее кустарником». Такие имена-описания нередко давали, связывая ребёнка с местом его рождения.

Таким образом, полное значение исходного имени можно передать как «раб Аллаха, родившийся у излучины реки» или «в кустарнике». Фамилия Аптуков, соответственно, хранит память о предке, которого в быту звали сокращённо — Аптук. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, что совпадает с зоной исторического расселения тюркских народов, у которых такие имена были распространены.