Фамилия Ардаханова — женская форма фамилии Ардаханов, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени или прозвища Ардахан. Разобрать её помогает тюркская основа: слово «арда» в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) означает «честь», «достоинство», а иногда — «задняя часть», «тыл». Вторая часть — «хан» — титул верховного правителя, князя. Таким образом, имя Ардахан можно перевести как «почётный хан» или «хан чести».

Скорее всего, это не родовое имя какого-то реального средневекового хана, а прозвище, данное человеку за его авторитет, гордый нрав или уважение в общине. В тюркской среде составные имена с компонентом «хан» были очень распространены: Тимурхан, Айхан, Бекхан. Ардахан — более редкий вариант, что делает фамилию заметной.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий: так в XVI–XIX веках оформляли прозвания для тюркских народов, вошедших в состав Российской империи. Ардахановы — это потомки человека по имени Ардахан. Географически фамилия чаще всего встречается среди татар, башкир и народов Северного Кавказа (например, у кумыков или ногайцев), где тюркские имена с титулом «хан» сохранялись дольше.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом Ардахан (город и провинция на востоке Турции). В таком случае фамилию могли получить выходцы из этих мест. Но для русской фамильной системы типичнее отчество от личного имени, а не от названия города, поэтому первая гипотеза выглядит убедительнее.

В дореволюционных записях фамилия могла писаться через «ъ» (Ардахановъ) или с удвоенной «н» — Ардаханнов, но основной корень оставался неизменным. Носители фамилии — в основном потомки служилых татар, казаков или крестьян, получивших фамилию при переписях XIX века.