Фамилия Аванькин — одна из тех, где внешняя необычность скрывает простое прозвищное происхождение. Её основа — не церковное имя, а, скорее всего, народная форма имени или шутливое прозвище.

Модель образования здесь стандартная: суффикс -ин указывает на принадлежность. Аванька — это основа, от которой пошла фамилия. Аванька — это разговорный, уменьшительно-ласкательный вариант имени Иван. В русских говорах было множество таких переделок: Иван превращался в Ваню, Ваньку, а в некоторых диалектах — в Аваня, Аваньку. Звук «а» в начале мог появиться из-за аканья (произношения «а» вместо «о» в безударной позиции) или как результат упрощения: «Иван» → «Аван» → «Аванька». Таким образом, Аванькин буквально означает «сын Аваньки», то есть потомок человека, которого в быту звали Аванька.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где аканье было особенно сильным. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении — скорее всего, она возникла в одной или нескольких соседних деревнях, где жил один род Аванькиных.

Второй, менее вероятный вариант — связь с диалектным глаголом «аванькать» или «авать», означавшим издавать нечленораздельные звуки, мычать. В этом случае прозвище Аванька могли дать неразговорчивому, молчаливому человеку, либо тому, кто говорил невнятно. Однако эта версия уступает первой по распространённости: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от личных имён, а не от глагольных прозвищ.

В дореволюционных документах фамилия могла записываться по-разному: Аванькин, Аванкин, Ованькин (с «о» под ударением). Современное написание закрепилось в советское время при паспортизации. Носители фамилии — в основном потомки крестьян, так как в дворянской среде такие просторечные формы имён не приживались.