Фамилия Автушкина — женская форма, её мужской вариант Автушкин. В основе лежит простая и прозрачная модель: суффикс -ин указывал на принадлежность, отвечая на вопрос «чей сын?». Автушкин — буквально «сын Автушки». Сама основа Автушка — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Автоном, которое в народном произношении звучало как Автух или Автуш. Имя греческого происхождения, от слова «автономос» — «самозаконный», «независимый». В святцах оно значилось, но в крестьянской среде встречалось нечасто, зато в быту быстро обрастало уменьшительными вариантами.

Автушка — не официальное имя, а домашнее, деревенское прозвище для человека по имени Автоном. Суффикс -ушк- когда-то придавал ласкательный оттенок, но в фамилии он застыл и потерял это значение, превратившись просто в часть корня. Другие родственные фамилии — Автухов, Автушенко, Автухин — образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Автушкин на их фоне звучит мягче и встречается реже, даже среди однокоренных вариантов.

Географически фамилия Автушкин привязана к южным и центральным регионам России — там, где имя Автоном было хоть сколько-нибудь распространено. В дореволюционных переписях и списках она не частотна: это фамилия скорее однодворческая или крестьянская, без дворянского корня. Сословных привилегий у носителей не было, а прозвище закрепилось за родом через деда или прадеда, которого в деревне звали Автушкой.

Споров о происхождении почти нет: версия с именем Автоном — единственная убедительная. Иногда фамилию пытаются связать с диалектным глаголом «автукать» (кричать, аукать), но это натяжка: документально такое прозвище не фиксируется, а имя Автоном даёт более прямую и простую линию. Так что предки носителей фамилии Автушкина — скорее всего, русские крестьяне или мещане, в чьей семье когда-то был Автоном, которого близкие звали ласково Автушкой.