Фамилия Бабашкины (в мужском варианте Бабашкин) строится по той же модели, что и тысячи русских фамилий: к основе Бабашк- добавляется суффикс принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на то, что родоначальника звали Бабашка — иначе говоря, фамилия буквально отвечает на вопрос «чей?»: сын, внук или потомок Бабашки.

Что скрывается за прозвищем Бабашка — вопрос открытый. Самая простая версия связывает его с бабушкой: Бабашкой могли назвать внука, который рос при бабушке, был её любимцем или воспитанником. В русских говорах слово «бабашка» встречается и в других значениях — например, так могли назвать сплетника или сплетницу, то есть человека, который «бабакает», болтает без умолку. Есть и третье бытовое объяснение: в некоторых диалектах «бабашка» — искажённое «бабешник», то есть любитель ухаживать за женщинами.

Менее очевидная, но вполне реальная версия — тюркская. Если разбить прозвище на baba («отец») и baska («другой»), получится «другой отец» — так в тюркоязычной среде могли называть отчима. Эта гипотеза правдоподобна для южных и восточных регионов, где русские фамилии нередко вбирали в себя местные языковые элементы. Впрочем, для центральной России более вероятно славянское происхождение от слова «баба» или «бабушка».

Однокоренные фамилии — Бабашкин, Бабашов, Бабашев, Бабаш — встречаются в основном в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает обе версии: и диалектную, и тюркскую. Точное место и время возникновения фамилии Бабашкин установить сложно, но её основа ясна: перед нами прозвище, которое закрепилось за родом и передалось потомкам.