Фамилия Бабипе — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. С первого взгляда корень «баб-» наводит на мысль о родстве с «баба» (женщина, жена) или «бабить» (принимать роды), но суффикс «-пе» совершенно нехарактерен для русской, украинской или белорусской модели словообразования. В восточнославянских фамилиях конечные элементы обычно -ов, -ин, -ский, -енко, -ук, а здесь мы видим окончание, скорее напоминающее языки тюркской или кавказской групп.

Вероятнее всего, фамилия Бабипе — результат адаптации иноязычного прозвища или имени. В тюркских языках «баба» означает «отец», «дед», «предок» или даже «святой старец» (ср. «бабай»). Вторая часть, «-пе», может быть искажённым окончанием или частью слова, утратившей смысл при записи русскими чиновниками. Например, в азербайджанском или турецком языке существует слово «baba» в сочетании с суффиксами принадлежности. Не исключено, что исходная форма звучала как «Бабапир» или «Бабапей», где «пир» — «старец, наставник» в суфизме, а «пей» — «господин» или «бей». При переселении в русскоязычную среду сложное окончание могли упростить до «пе», а фамилию записать на слух.

Географически фамилия Бабипе встречается крайне редко, в основном в записях из регионов бывшей Российской империи с многонациональным составом — Закавказье, Северный Кавказ, Поволжье. Это подтверждает версию о её неславянских корнях. Носители фамилии, скорее всего, потомки выходцев из тюркоязычной или иранской среды, получившие фамилию по прозвищу предка, которого называли «баба» — уважаемый старик, духовный наставник или просто глава рода.

Однокоренных фамилий в русском контексте у Бабипе нет. Фамилии Бабин, Бабаев, Бабич образованы по другим моделям и имеют иную суффиксацию. Это делает Бабипе уникальной с точки зрения словообразования: она не вписывается ни в один стандартный тип русских фамилий, а её разбор требует выхода за пределы славянской ономастики.