Фамилия Бабуль — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а ласковое обращение. Её образовали от слова «бабуля» — так у славян называли любую пожилую женщину, не обязательно родственницу. Суффикс -ль в этой модели передаёт уменьшительно-ласкательный оттенок: «бабуля» — не просто бабка, а своя, добрая, домашняя.

Скорее всего, фамилию получил воспитанник бабушки или её любимец. В крестьянском быту дети нередко жили у старшего поколения, и такое прозвище — «бабуль» — могло закрепиться за внуком, которого бабушка вырастила или особенно баловала. Реже прозвище давали мужчине, который жил при матери или тёще, находился под её опекой.

Фамилия оформлена по обычной восточнославянской модели — нулевая флексия. В русских говорах форма Бабуль встречается в основном на юге и западе, где были сильны украинское и белорусское влияние. В украинской среде фамилия могла звучать как Бабуль, а в польской — Babuł, с тем же корнем.

Важно не путать с фамилией Бабулин: та образована от притяжательного прилагательного («чей?» — бабулин), а Бабуль — от самого прозвища в краткой форме. Разница в суффиксе указывает на разную словообразовательную историю, хотя корень один.

О сословной принадлежности носителей фамилии ничего определённого сказать нельзя: такая модель прозвищ встречалась и у крестьян, и у мещан, и у казаков. Данных по известным историческим личностям с фамилией Бабуль нет — это редкая фамилия, которая сохранилась в основном в локальных родословных.