Фамилия Бабулина — женская форма, а её мужской вариант Бабулин. В основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, и это ставит фамилию в ряд самых древних русских родовых имён.

Корень здесь — «бабуля». В разных говорах так называли не только бабушку, но и повитуху, знахарку, а иногда — жену священника (попадья). Человек, получивший прозвище Бабуля, мог быть сыном или внуком такой женщины, либо сам имел какую-то связь с её ремеслом. Встречалось и переносное значение: бабулей дразнили излишне заботливого или суетливого мужчину.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бабулин — буквально «чей?» — сын Бабули. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от личных прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в северных и центральных областях, фамилии на -ин более характерны для юга России и Поволжья, хотя встречаются повсеместно.

Интересно, что фамилия Бабулин могла возникнуть и независимо от прозвища — как отчество от канонического имени Вавила (в просторечии Бабула). В церковных святцах есть мученик Вавила, и имя это было в ходу у крестьян до XVIII века. Усечённая форма Бабула дала бы ту же фамилию.

Спорных версий здесь немного: иногда пытаются связать Бабулина с тюркским «баба» (отец, дед) или с глаголом «бабулить» (болтать), но лингвисты считают эти объяснения натяжкой. Правдоподобнее всего — русское прозвище от «бабуля» в значении «знахарка» или «повитуха», а значит, предок носителя фамилии скорее всего был либо её сыном, либо сам промышлял народным врачеванием.