Фамилия Бабулькин образована по редкой словообразовательной модели. В русских фамилиях чаще встречается суффикс -ин, присоединённый к основе на -а: Бабушкин, Бабулин. Здесь же мы видим суффикс -к- и далее -ин, что указывает на прозвище или имя, имевшее уменьшительно-ласкательную форму. Основа — «бабульк(а)», то есть «бабушка», «старушка». В отличие от фамилии Бабушкин, где суффикс -ушк- сразу переходит в -ин, здесь форма «бабулька» — это народный вариант слова «бабушка» с другим суффиксом (-ульк-). Такое слово бытовало в диалектах и разговорной речи, особенно в северных и центральных областях России.

Вероятнее всего, фамилию дали не по возрасту, а по роду занятий или прозвищу. В крестьянской среде «бабулькой» могли называть не только пожилую женщину, но и знахарку, повитуху, ворожею. В некоторых говорах слово «бабулька» означало также «кукла» или «игрушка из тряпок» — отсюда могло возникнуть прозвище для человека, который делал или продавал такие куклы. Мужчина с прозвищем Бабулька, скорее всего, был сыном или внуком знахарки, либо сам занимался ремеслом, связанным с детскими игрушками.

С точки зрения социального происхождения, Бабулькины — почти наверняка крестьянский род. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в ранних переписях как боярская или служилая. Её географическое распространение — преимущественно северо-западные и центральные губернии: Новгородская, Псковская, Тверская, Ярославская. В этих краях слово «бабулька» было особенно употребительно. Встречается и вариант Бабулькин с ударением на втором слоге — это локальная черта, не меняющая смысла.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Бабулькин стоит в одном ряду с Бабуриным, Бабуровым, Бабкиным, но отличается именно уменьшительной формой. Если Бабкин — от «бабка» (повитуха или старуха), то Бабулькин — от ещё более ласкового, почти детского варианта. Это делает фамилию не столько прозвищной, сколько «домашней»: возможно, предка так звали в семье, и прозвище закрепилось за потомками.

Итог: фамилия Бабулькин происходит от уменьшительно-ласкательного прозвища Бабулька, которое могло относиться к знахарке, повитухе или к человеку, связанному с изготовлением кукол. Род — крестьянский, с корнями в северных и центральных русских землях.