Фамилия Бабусенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Такие фамилии массово формировались в Поднепровье, Слобожанщине и на юге Украины в XVI–XVIII веках. Суффикс -енко изначально был уменьшительным, но в фамилиях он стал указывать на сына, потомка: Бабусенко — «маленький Бабусь» или «сын Бабуся».

Основа фамилии — слово «бабуся». В украинском языке это ласковое обращение к бабушке. Но к фамилии это имеет лишь косвенное отношение: прозвище Бабусь (или Бабуся) давали не старой женщине, а мужчине. Чаще всего — изнеженному, капризному, «бабьему» угоднику, либо тому, кто воспитывался бабушкой и перенял её манеры. В украинских говорах слово «бабуся» могло означать и «подкаблучник». Мужчина с таким прозвищем не обязательно был слабохарактерным — прозвища часто давали «от противного» или за внешнюю схожесть с образом.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить ареал. Бабусенко — однозначно украинская форма. Русские аналоги (Бабусин, Бабушкин) строятся по модели -ин, а польские (Бабус) — без суффикса. Наличие суффикса -енко сразу указывает на происхождение рода с территории современной центральной или восточной Украины. В метрических книгах XIX века фамилия встречается преимущественно в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях.

Споров о происхождении этой фамилии почти нет: основа прозрачна, модель образования типична. Единственный нюанс — не путать её с фамилией Бабенко, которая образована от той же основы, но через другую ступень (баба → Баба → Бабенко). Бабусенко — более поздняя, «ласкательная» форма, что говорит о бытовом, а не официальном происхождении прозвища.

Сословно носители фамилии относились к казакам и крестьянам. Дворянских родов Бабусенко не зафиксировано. Это фамилия людей, чей предок получил прозвище в сельской среде, и оно закрепилось за потомками без изменений.