Фамилия Бабусов — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе несколько разных путей происхождения. На первый взгляд, корень «баб-» отсылает к женщине («баба»), но в русской ономастике всё сложнее.

Самая вероятная версия — происхождение от мирского имени или прозвища Бабус, которое было образовано от слова «бабуся» (ласковое обращение к бабушке или пожилой женщине). В крестьянской среде такое прозвище мог получить ребенок, которого воспитывала бабушка, или мужчина, отличавшийся мягким, заботливым характером. Суффикс -ус- в данном случае характерен для уменьшительно-ласкательных форм (сравните: дед — дедус, баба — бабуся).

Вторая версия, менее распространенная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским словом «баба» в значении «отец, дед, уважаемый старец». В южнорусских и казачьих областях прозвище Бабус могло закрепиться за человеком, носившим бороду и пользовавшимся авторитетом, как у старообрядцев или у народов Поволжья. Однако в таком случае фамилия скорее имела бы форму Бабаев или Бабин, так что эта версия требует дополнительных доказательств.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов: сын Бабуса. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, встречается в документах XIX века в Тамбовской и Рязанской губерниях. Встречается и однокоренная фамилия Бабусин, где суффикс -ин указывает на происхождение от женского прозвища Бабуся, но в случае с Бабусовым мы имеем дело именно с мужским прозвищем.

Сословная принадлежность предков Бабусовых, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не зафиксировано. Словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе фамилий, образованных от родственных прозвищ, что косвенно подтверждает их простонародное происхождение.

В написании фамилии возможна путаница: в старых документах могли писать «Бабузов» (с заменой «с» на «з» под влиянием говоров), но исторически верная форма — через «с».