Фамилия Бабута — редкий случай, когда прозвище или имя легло в основу фамилии без типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин, -ский). Окончание -а указывает на то, что перед нами, скорее всего, украинская, белорусская или польская модель образования фамилии, где притяжательность передавалась напрямую. В этих языках фамилии на -а часто означали «сын такого-то» или «человек, связанный с таким-то». Сама основа Бабут- представляет собой, по всей видимости, производную форму от более древнего имени или прозвища.

Самый прямой путь к смыслу — через слово «баба». В славянских языках это не только «женщина», но и «бабушка», «повитуха», а в некоторых диалектах — «отец» (в детской речи). Уменьшительно-ласкательные формы от «баба» — Бабута, Бабуля, Бабутя — могли быть домашними, внутрисемейными именами. Так могли называть младшего ребенка, любимую дочь или человека, которого в шутку величали «бабушкой» за заботливость. Есть и другая, более прозаичная версия: в польском языке «babuta» — это диалектное название старой, ворчливой женщины. Однако в качестве фамилии такое прозвище чаще давали мужчине, возможно, за женоподобные черты характера или за то, что он много времени проводил с детьми (нянька, пестун).

Географически фамилия Бабута тяготеет к западнославянским и балтийским регионам. Она встречается в Польше, Беларуси, на Украине и в Литве. В России она редка и, скорее всего, принесена переселенцами с запада. Интересно, что в литовском языке есть слово «bobutas» — так называли старую, толстую курицу, что тоже могло стать прозвищем для кряжистого, медлительного человека. Таким образом, фамилия не имеет одного чёткого корня, а лежит на перекрёстке нескольких языков и традиций.

С социальной точки зрения, носители фамилии Бабута в XIX веке чаще всего были крестьянами или мещанами. Фамилия не дворянская, не «географическая» (не на -ский/-цкий), а типично прозвищная, то есть возникшая в народной среде. Её носитель, скорее всего, был простым человеком, а прозвище ему дали соседи или родня — по характерной черте, внешности или манере поведения.