Фамилия Бадареева образована от мужского варианта Бадареев, и её основа — скорее всего, тюркское или кавказское прозвище. Суффикс -ев указывает на принадлежность: сын или потомок человека по прозвищу Бадар. Само слово «бадар» в ряде тюркских языков (например, в башкирском или татарском) означает «большой», «крупный», а также может быть вариантом имени Батыр — «богатырь», «храбрец». В бурятском и монгольском языках «баатар» (произносится как «батар») — это герой, воин. Таким образом, первым носителем прозвища мог быть рослый, сильный человек или удачливый воин.

В русской ономастике фамилии на -ев часто возникали при адаптации иноязычных имён. Если предок Бадареевых был крещёным татарином, башкиром или бурятом, его мирское имя Бадар при переходе в православие не заменяли, а просто русифицировали с помощью патронимического суффикса. Географически фамилия встречается в Забайкалье, Бурятии и Иркутской области — регионах, где сильны монгольские и бурятские корни. Встречается она и у сибирских татар.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «бадара» с диалектным русским словом «бадара» — так в некоторых говорах называли болотистое место, топь. В этом случае прозвище мог получить человек, живший у такого болота, но тюркское происхождение выглядит убедительнее из-за структуры корня и ареала фамилии.

Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья. В списках сибирских казаков XVII–XVIII веков встречаются фамилии с похожей основой, что подтверждает версию о военном или служилом происхождении предка. Сегодня Бадареевы — редкая фамилия, и её носители живут в основном в Сибири и на Дальнем Востоке.