Фамилия Бадареев звучит нарочито по-русски, но её корень — тюркский. В основе лежит имя или прозвище Бадарей. Это имя восходит к тюркскому слову «бадара» — «неровный, бугристый, шероховатый» или же к «бадыра» — «корявый, рябой». Прозвище могли дать человеку с неровной кожей лица, например, после оспы. Вторая, менее вероятная, версия связывает основу с монгольским «баатар» (богатырь), но в таком случае фамилия писалась бы через «т» — Батареев.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XIX веков: суффикс -ев присоединили к основе Бадарей, указывая на принадлежность — «сын Бадарея». Суффикс -ей в прозвище характерен для южнорусских и украинских говоров, где имена нередко смягчались (ср. Василей, Матвей). Встречается фамилия и в форме Бадареев.

Географически фамилия привязана к регионам, где русские соседствовали с тюркскими народами: Поволжье, Приуралье, Сибирь. В метрических книгах XIX века Бадареевы фиксировались среди крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Оренбургской губерний. Встречается она и у бурят, калмыков — там корень уже местный, от «бадар» (странник, нищий монах). В этом случае фамилия могла указывать на человека, давшего обет странничества.

Сословной исключительности у Бадареевых нет: фамилия встречается и у крестьян, и у казаков, и у духовенства. В списках казачьих войск (Оренбургское, Сибирское) она нередка — возможно, из-за смешения с казахским именем Батыр.

Сравните с однокоренными: Бадарин, Бадаров, Бадаев. Бадарин образован с другим суффиксом (-ин) и чаще встречается на Русском Севере, Бадаров — прямой тюркский вариант, а Бадаев — калмыцкая форма. Фамилия Бадареев стоит особняком именно из-за суффикса -ей, который делает её более «русской» по звучанию, хотя корень остаётся иноязычным.