Фамилия Бадагеев — случай, когда версия, лежащая на поверхности, скорее всего, и есть правильная. Основа фамилии — личное имя или прозвище Бадага, Бадагай. В ономастике это устойчивый след тюркских языков, где корень «бада» (или «бата») имеет широкий спектр значений: от «беда, несчастье» до «крепкий, сильный». В бурятском и монгольском языках слово «бадаг» может означать «гроздь» или «кисть», но в качестве прозвища, скорее всего, работало значение «бедовый», то есть человек, приносящий неприятности, или, наоборот, «крепкий орешек», которого беда не берет.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. Фамилия не могла возникнуть в центральной России: географически она привязана к зоне контакта русских с бурятами, тувинцами, алтайцами. Бадагеевы — это, скорее всего, потомки бурятских родов, принявших православие и вместе с ним фамилию по отцу. В Забайкалье и Иркутской области эта фамилия встречается до сих пор, что подтверждает её региональный характер.

Любопытная деталь: в некоторых тюркских и монгольских языках «бадага» — это ещё и название растения или «комок, сгусток». Если прозвище давали по внешности, то Бадагой могли назвать коренастого, плотного человека. Вторая версия — связь с арабским «бадави» (бедуин, кочевник), но для Сибири она маловероятна: фамилия явно местная, а не принесённая с Кавказа или из Средней Азии.

Фамилия редкая, в списках дворянства или купечества не числится — это стопроцентно крестьянская или казачья фамилия, возникшая не раньше XVIII века, когда началась массовая христианизация коренных народов Сибири. Сейчас носители фамилии живут в основном в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае.