Фамилия Бадыгеев — редкая и территориально привязанная к Южной Сибири, в первую очередь к Бурятии. Её происхождение почти однозначно указывает на бурятские корни, и разбирать её нужно не через славянскую модель, а через тюрко-монгольскую ономастику.

Основа фамилии — личное имя Бадыге (или Бадыгей). Это имя, в свою очередь, восходит к буддийскому термину «бади» (санскр. «bhadra» — благой, добрый) или к имени Бады — распространённому у бурят сокращению от имени Бадма (лотос). Суффикс «-гей» в бурятском языке часто образует ласкательные или уменьшительные формы имён. Таким образом, Бадыгей — это «маленький Бады» или «милый, благой». Фамилия же образована по русской модели фамилий народов Сибири: к основе на «-ей» добавили типичный русский патронимический суффикс «-ев» (чей? — Бадыгеев сын). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бадыге́ев.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Бадыгеев — это «фамилия-оберег» или «фамилия-посвящение». Родители, называя сына Бадыгеем, желали ему счастливой судьбы и покровительства буддийских божеств. Носители фамилии — это потомки бурят, принявших православие или сохранивших буддийскую традицию, но в любом случае получивших фамилию при переписях XIX — начала XX века. Родовая память в таких семьях часто крепка, и многие Бадыгеевы до сих пор живут в Улан-Удэ, Иркутской области и Забайкалье. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «бадья» — это случайное внешнее сходство.