Фамилия Бадрухдинова — женская форма мужской фамилии Бадрухдинов, и её разумнее рассматривать через мужской вариант. Это фамилия тюрко-мусульманского происхождения, в основе которой лежит арабское имя Бадруддин. Имя составное: «бадр» переводится как «полная луна», а «дин» — «вера, религия». Вместе Бадруддин означает «полная луна веры» — поэтичная характеристика, подчёркивающая красоту и силу религиозного чувства. Фамилии на -ов/-ев от имён с компонентом «дин» (Нуртдинов, Гайнутдинов, Шарафутдинов) типичны для татар, башкир и других народов Поволжья и Урала.

Образование фамилии стандартное: к арабскому имени Бадруддин добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюркской среде прижился ещё в XIX веке после введения всеобщей переписи и фиксации фамилий. Фонетическая адаптация привела к появлению «х» вместо «д» в середине — Бадрухдинов вместо Бадруддинов. Это не ошибка, а живой звуковой процесс: в разговорной речи твёрдый «д» перед «р» мог смягчаться или заменяться на «х» для удобства произношения. Такая вариативность встречается и в других фамилиях (сравните Абдурахманов и Абдулрахманов).

Географически фамилия Бадрухдиновы встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Челябинской и Оренбургской областях — регионах, где исторически жили татары и башкиры. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, поскольку аристократических тюркских родов с таким именем не зафиксировано. Само имя Бадруддин в исламской среде давали в честь почитаемых религиозных деятелей, поэтому семья могла быть связана с духовенством или просто следовать традиции называть детей в честь святых.

Форма Бадрухдинова — женская, она образована по той же модели, что и тысячи других русских фамилий: мужской вариант плюс окончание -а. При этом в документах и быту женщина может носить её в неизменном виде, без склонения по падежам, хотя по правилам русской грамматики такие фамилии склоняются (Бадрухдиновой, Бадрухдинову). Фамилия редкая, в общероссийских списках не входит даже в первую тысячу по частотности, что делает её уникальным маркером конкретной семейной линии.