Фамилия Багауов — редкий случай, когда исходное арабское имя в процессе бытования сначала «обрусело» в народном произношении, а потом уже дало фамилию. В основе лежит не полное имя, а его усечённая, разговорная форма.

Корень фамилии — мужское арабское имя Багаутдин, что значит «сияние религии» (от араб. баха — «красота, блеск, сияние» и дин — «вера, религия»). В русской среде, особенно среди татар и башкир, длинные имена нередко сокращали для удобства в быту. Так Багаутдин превратился в краткую форму Багау, а затем и в фамилию Багауов.

Модель образования стандартна для русских фамилий тюркского и арабского происхождения: к основе Багау добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Буквально фамилия означает «сын Багау» или «потомок того, кого звали Багау». Судя по суффиксу, фамилия окончательно оформилась уже на русской почве, а не в арабо-тюркской среде, где скорее встретился бы вариант Багаутдинов.

Фамилия Багауов распространена в основном среди татар и башкир, а также встречается у представителей других тюркских народов России. Она указывает на то, что предок носителя фамилии был мусульманином и носил имя, прославляющее религию, но в повседневной жизни окружающие звали его сокращённо — Багау.