Фамилия Багерян, скорее всего, имеет армянское происхождение и образована по распространённой модели с суффиксом -ян, который в армянском языке указывает на принадлежность к роду, происхождение («из рода такого-то»). Встречается она реже, чем более типичные фамилии на -ян, и её основа — Багер — может восходить к армянскому имени или прозвищу.

Самая вероятная версия связывает основу с армянским словом «баг» (паг) — «доля, часть, удел». В этом случае Багер — человек, получивший свою долю, или, возможно, тот, кто делит, распределяет. Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с арабским или персидским корнем, означающим «луна» (бадр), что могло дать прозвище красивому или светлолицему человеку. В армянском языке также есть имя Багер, которое может быть самостоятельным или сокращением от более длинных имён.

Суффикс -ян (в диалектах -янц, -енц) — ключевой маркер армянских фамилий. Он аналогичен русским -ов/-ев, но не указывает на сословие. Фамилия Багерян могла появиться в Западной Армении (территория современной Турции) или в регионах, где армянское население было рассеяно после геноцида. В России и странах СНГ такая фамилия встречается среди потомков армянских мигрантов, но не входит в число распространённых.

Однокоренных фамилий, например Багеров, в русской среде практически нет, что подтверждает однозначную армянскую привязку. Вариант написания с одной «г» (Багерян) более логичен, чем с удвоенной, так как основа не требует усиления. Таким образом, предки носителя фамилии — скорее всего, выходцы из армянской среды, получившие фамилию по имени или прозвищу родоначальника, связанному с понятием доли или удела.