Фамилия Бакалеев — один из примеров того, как русская фамилия рождалась из названия профессии или торговой специализации. В основе лежит слово «бакалея»: так в старину называли сухие съестные товары — чай, сахар, сухофрукты, копчености, крупы. Человек, который торговал этим товаром или держал бакалейную лавку, получал прозвище Бакалей. Оно было удобным и ёмким — сразу указывало на род занятий.

Фамилия образована по стандартной для русского языка модели: прозвище на -ей → фамилия на -ев (Бакалей → Бакалеев). Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Бакалея». Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, и Бакалеев в этом смысле ничем не отличается от тысяч других «профессиональных» фамилий — Кузнецов, Мельников, Плотников.

Версия, что прозвище могло произойти не от торговли, а от личного имени или иноязычного корня, маловероятна. Слово «бакалея» пришло в русский язык из турецкого или арабского через тюркское посредничество, но в России оно прочно ассоциировалось именно с лавочной торговлей. Поэтому Бакалей — это не имя, а прозвище по ремеслу.

Фамилия редкая. В дореволюционных адресных книгах и метрических записях она встречается в основном в центральных и южных губерниях — там, где была развита мелкая рыночная торговля. Встречается также вариант написания с одной «е» — Бакалев, но он ещё реже и, скорее всего, возник из-за канцелярской ошибки при записи.

Таким образом, предки современных Бакалеевых — бакалейщики, владельцы или приказчики лавок, где продавали «колониальные товары»: чай, кофе, пряности, сухофрукты. В XIX веке это была уважаемая и довольно доходная профессия, особенно в городах и на ярмарках.