Фамилия Баканидзе — характерный пример грузинской фамильной традиции, и её разговор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт происхождение. Формант -идзе — один из самых распространённых в Западной Грузии, особенно в исторических регионах Имеретия, Гурия и Аджария. Он указывает на происхождение по отцу и буквально переводится как «сын» или «потомок». Поэтому Баканидзе — это «сын Бакана» или «из рода Бакана».

Основа фамилии — Бакан — в грузинском языке может иметь несколько корней. Самая прямая версия: это дохристианское личное имя Бака, которое встречается в древнегрузинских источниках. Уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -ан (Бакан) означала «маленький Бака» или «сын Баки». Само имя Бака, скорее всего, восходит к древнеиранскому или сванскому слову, означающему «священный», «божественный» или «бык» (в значении силы и плодородия). Встречается и более прозаичное объяснение: «бака» в некоторых грузинских говорах — «лягушка», но эта версия менее правдоподобна для фамилии, так как прозвища от животных в грузинской ономастике редки и обычно не образуют фамилий с -идзе.

С точки зрения социальной истории, фамилии на -идзе в основном принадлежали крестьянам, ремесленникам и священнослужителям, в отличие от аристократического суффикса -швили или княжеского -ели/-ури. Однако в Западной Грузии -идзе со временем стал универсальным патронимом, и его носили все слои, включая мелкое дворянство. Конкретно для Баканидзе архивных данных о сословной принадлежности мало, но можно предположить, что предки были свободными земледельцами или городскими жителями Кутаиси, Батуми или Поти, где фамилия встречается чаще всего.

Географически фамилия Баканидзе плотно привязана к западногрузинским регионам. Если искать однокоренные фамилии, то в той же Имеретии встречаются Бакашвили, Бакаури и Бакадзе — все они образованы от того же корня Бака, но с разными суффиксами, что отражает дробление одного рода на ветви в разных ущельях или деревнях. Таким образом, носители фамилии Баканидзе — это потомки человека по имени Бака, жившего, вероятно, несколько столетий назад в западной части Грузии, и их фамилия — это не прозвище, а прямой отсыл к родоначальнику.