Фамилия Бакауова хранит память о тюркских корнях и восходит к мужскому имени Бакау. Это имя является производной формой от тюркского имени Баки, которое, в свою очередь, имеет арабское происхождение. В переводе с арабского «Баки» означает «вечный, живущий вечно». В исламской традиции это имя — один из многочисленных эпитетов Аллаха, что придавало ему особый сакральный смысл.

Фамилия образована по классической для русского языка модели: к основе Бакау добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бакау). Со временем потомок человека, которого звали Бакау, закрепил за собой фамилию Бакауов, а её женская форма — Бакауова. Интересно, что имя Бакау — это не просто калька с арабского, а адаптированная в тюркской среде форма, где звуковой облик изменился под влиянием местных говоров. Встречаются и однокоренные фамилии, например, Бакиев или Бакаев, но форма Бакауов встречается реже, что делает её отличительной чертой конкретной родовой ветви.

География бытования фамилии чаще всего связана с регионами, где исторически проживали тюркские народы: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, а также Оренбургская и Астраханская области. Носители фамилии могут быть потомками как духовных лиц (ведь имя связано с эпитетом Всевышнего), так и простых людей, носивших это имя как благопожелательное — с пожеланием долгой и осмысленной жизни.