Фамилия Бахапов — одна из тех, что напрямую ведёт к личному имени предка. В основе лежит мужское мусульманское имя Бахап, которое, скорее всего, является диалектным вариантом имени Багап. А Багап, в свою очередь, восходит к более известному имени Вагап. С арабского языка это имя переводится как «дающий всё, одаривающий всем» — пожелание щедрости, доброты и отзывчивости, которое родители вкладывали в имя сына.

Имя Багап и его формы преимущественно встречаются у мусульман Кавказа, что указывает на вероятный регион происхождения фамилии. Русский суффикс -ов здесь работает по стандартной модели: «чей?» — «Бахапов», то есть сын, потомок человека по имени Бахап. Фамилия закрепилась, когда имя отца перешло в разряд родовых прозваний.

Интересно, что в некоторых тюркских языках параллельно существует модель с аффиксом -оглы (сын), но в русской среде она либо не прижилась, либо была русифицирована в -ов. В фамилии Бахапов мы видим именно адаптацию восточного имени к русской словообразовательной системе — случай, типичный для многих фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии. Других корней — ремесленных, топонимических или прозвищных — у этой фамилии нет, она чисто патронимическая.