Фамилия Бахаров происходит от древнерусского прозвища Бахарь. В основе лежит слово «бахарь» — так в старину называли говоруна, рассказчика, сказочника. Иногда слово имело ироничный оттенок, означая «краснобая» или пустослова. Прозвище было распространено: историк С. Б. Веселовский в своих работах упоминает Григория Бахаря (1564 год, Новгород) и крестьянина Феофана Бахарева (1495 год, там же). Отдельно стоит Неупокой Андреевич Бахорев, записанный в 1551 году в Суздале — его фамилия показывает, что наряду с формой «Бахаров» существовал и вариант «Бахорев», образованный от той же основы, но через другую суффиксальную модель.

Фамилия Бахаров образована по стандартной для русского севера и центра модели: к основе «Бахарь» добавили притяжательный суффикс -ов, который указывал на принадлежность «из семьи Бахарей». В XV–XVI веках такие фамилии сначала закреплялись в среде служилых и зажиточных людей, а позже распространились шире. Таким образом, первый носитель фамилии Бахаров — это прямой потомок человека, который получил прозвище за любовь к рассказам или за умение красно говорить.

Суффикс -ов типичен для фамилий, произошедших от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. В случае с фамилией Бахаров этот суффикс присоединился к основе «Бахарь» после выпадения мягкого знака и перехода «ь» в беглый гласный. Интересно, что в некоторых говорах слово «бахарь» могло звучать как «бахорь» — отсюда и фамилия Бахорев, которую тоже фиксируют документы XVI века. Обе формы сосуществовали, но «Бахаров» со временем стала более употребительной.