Фамилия Бахаутдинова образована от диалектного варианта мужского тюркского имени Багаутдин — Бахаутдин, которое в переводе на русский язык означает «сияние религии». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бахаутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.