Фамилия Бахаутдинова образована от диалектного варианта мужского тюркского имени Багаутдин — Бахаутдин. В переводе на русский язык это имя означает «сияние религии». Основа имени — арабская: «баха» (блеск, красота) и «дин» (вера, религия). Такие составные имена с компонентом «дин» особенно распространены у мусульманских народов, их давали в честь религиозных деятелей или с пожеланием, чтобы человек стал «украшением веры».

Фамилия закрепилась в форме Бахаутдинова — через суффикс -ов, который в русской традиции присоединяли к тюркским основам, указывая на принадлежность роду. То есть носительница фамилии — потомок человека по имени Бахаутдин. Встречается и мужской вариант — Бахаутдинов, но женская форма не редкость, особенно в среде татар и башкир, где фамилии свободно склоняются по родам.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов шёл неравномерно: у казанских татар и башкир массово фамилии появились только в XIX — начале XX века, после всеобщей переписи и введения метрических книг. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бахаутдиновых можно лишь на основании генеалогических исследований — записей в ревизских сказках или в документах мечетей.

Интересная деталь: переход «Багаутдин» в «Бахаутдин» — не ошибка, а диалектная особенность. В некоторых тюркских говорах звук «г» смягчается или переходит в «х» под влиянием арабского произношения. Такое же чередование можно заметить в фамилиях Багаутдинов и Бахаутдинов — они однокоренные, но разошлись по регионам. Если встретили Бахаутдинову, скорее всего, предки жили в районах, где был распространён именно этот говор: например, на юге Татарстана или в Башкортостане.