Фамилия Бадаутдинова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Бадаутдинов. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который в женском роде получает окончание -а. Модель типична для конца XIX — начала XX века, когда фамилии на -ов/-ев активно присваивались представителям нерусских народов, входивших в состав Российской империи, особенно мусульманских общин Поволжья и Урала.

Корень фамилии — арабское личное имя Бадаутдин (варианты: Бадаруддин, Бадруддин). Оно состоит из двух частей: «бадр» (полная луна) и «дин» (вера, религия). В буквальном переводе имя означает «полная луна веры» или «светоч религии». Это теофорное имя, распространённое в исламской традиции, его давали с пожеланием, чтобы ребёнок стал украшением и опорой веры. Таким образом, фамилия Бадаутдинова буквально означает «потомок (дочь) того, кого звали Бадаутдин».

Географически фамилия чаще всего встречается среди татар и башкир, реже — среди других тюркских народов России. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века подобные фамилии фиксировались в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Примечательно, что в татарской среде фамилии на -ов/-ев закрепились позже, чем у русских, — массово только после реформ 1870-х годов, поэтому носители фамилии Бадаутдинов — это, скорее всего, потомки крестьян или мещан, а не дворянства. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не значится, что подтверждает её «народное» происхождение.

Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилия могла писаться через «а» — Бадаутдинова, хотя имя в исходнике часто фиксировалось как Бадрутдин или Бадретдин. Разница в написании объясняется особенностями местного произношения и работой писарей, которые записывали имя на слух. Поэтому в одной семье у разных поколений могли быть варианты Бадаутдинов и Бадрутдинов — это одна и та же фамильная основа, разошедшаяся в письменной фиксации.