Фамилия Бахаутдиновы (и её мужская форма Бахаутдинов) строится по самой распространённой в русской ономастике модели: к основе — имени или прозвищу — добавляется суффикс принадлежности -ов. В данном случае основа — диалектный вариант тюркского имени Багаутдин, которое звучало как Бахаутдин. На арабско-персидской почве это имя означает «сияние религии» (от «баха» — блеск, красота и «дин» — вера, религия). Имя было распространено в среде мусульманского духовенства и знати, что неудивительно: давая такое имя, родители желали сыну стать опорой веры.

Сами корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда носители тюркских языков — выходцы из Золотой Орды, а также потомки печенегов и половцев — активно вливались в состав русского служилого сословия. Этот исторический факт подтверждается и тем, что многие дворянские роды России имели нерусское происхождение. Фамилия Бахаутдиновы — не исключение: её родоначальник, скорее всего, был человеком восточного происхождения, принявшим православие или сохранившим веру, но осевшим на русской земле и получившим фамилию по отцу — Бахаутдину.

Стоит отметить, что фамилия эта — не только памятник восточной письменности и культуры, но и живое свидетельство многовекового переплетения народов. Встречается она преимущественно в регионах с традиционно татарским и башкирским населением, а также среди потомков тех, кто в разное время перебирался в центральную Россию. В написании возможны варианты, но форма с «х» (Бахаутдинов) закрепилась именно через русскую письменную традицию, передавшую тюркское произношение.