Фамилия Бакинов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит топоним Бакино — название нескольких деревень, которые до сих пор встречаются в Костромской, Вологодской и Кировской областях. Житель такой деревни получал прозвание «Бакиновский» или просто «Бакинов», а суффикс -ов закрепил за ним и его потомками значение «выходец из Бакина». Это типичная модель для русских «географических» фамилий, которые не связаны с профессией или личным качеством, а просто указывают на место рождения или проживания.

Сам топоним Бакино, скорее всего, восходит к прозвищу или нецерковному имени Бака. В русских говорах «бака» — это лягушка, а также болтун или хвастун (от глагола «бакать» — болтать). В ономастике имя Бака фиксируется в новгородских и псковских грамотах XV–XVI веков. То есть первым носителем мог быть человек по прозвищу Бака, а его потомки, переехавшие в другое село, стали Бакиновыми — то есть «Бакины дети». Но версия с названием деревни выглядит убедительнее: фамилия слишком привязана к конкретным регионам, где такие деревни есть.

Интересно, что фамилия почти не встречается в южных и центральных областях России. Основной ареал — северо-восток европейской части: Костромская область, юг Вологодчины, север Кировской области. Это говорит о том, что фамилия сформировалась локально и не распространилась широко. Встречается она редко, поэтому носители Бакиновых, скорее всего, имеют общих предков из одного из этих регионов.

Суффикс -ов указывает на русское происхождение и принадлежность. Если бы фамилия образовалась от имени Бакина (женского), мы бы увидели форму Бакинин. Здесь же форма Бакинов — от мужского имени или прозвища Бака либо от названия Бакино. Другие версии — например, связь с тюркским словом «бак» (смотри) или арабским «баки» (вечный) — маловероятны. Для тюркских фамилий характерны другие суффиксы, а для арабских — иное написание и ареал. Так что для русского носителя фамилии Бакинов корни — в северных деревнях, где жил человек по прозвищу Бака или стояло село Бакино.