Фамилия Бакина — женская форма, но в основе лежит мужское прозвище Бака. Слово «бака» в старых русских говорах, особенно западнорусских, связывали с глаголом «бакулить» — говорить, болтать, пустословить. Так нарекали человека, который любил поговорить, иногда сверх меры: сплетника, краснобая, клеветника. Прозвище указывало скорее на недостаток или дурную привычку, чем на достоинство.

По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин присоединяли к основам на -а/-я. Поэтому Бакин или Бакина — это буквально «сын (или дочь) Баки», «из семьи Баки».

Встречается и другая, более редкая версия: в некоторых говорах «бака» означало «лягушка» или «жаба». Тогда прозвище могло относиться к внешности или поведению — например, к человеку с большими глазами или сиплым голосом. Но связь с «бакулить» выглядит убедительнее: она подтверждается живым употреблением глагола в диалектах и большей распространённостью прозвищ по речевым особенностям.

Фамилия не относится к дворянским или знатным — скорее к крестьянским и мещанским. Встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, где суффикс -ин был основным способом образования фамилий от прозвищ и имён на -а.