Фамилия Бакова — женская форма от Баков, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища Бак. Чаще всего такие фамилии возникали не от имени, а от уличного прозвища, которое закреплялось за человеком по какой-то его заметной черте.

Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным словом «бака». В тульских и рязанских говорах так называли краснобая, говоруна, рассказчика. Если предок был балагуром или мастером рассказывать истории, его вполне могли прозвать Баком, а его дети и внуки стали Баковыми. Эта версия выглядит убедительнее других, потому что опирается на живую народную лексику, а не на книжные или редкие значения.

Есть и альтернативное объяснение — от нарицательного «бак». У этого слова несколько значений: и морской резервуар для воды, и деревянная посуда для еды. Если следовать этой логике, основатель рода мог быть моряком или корабелом, либо же просто плотником, делавшим миски и баки. Но в русской ономастике прозвища по профессии обычно давались напрямую (Моряк, Боцман, Плотник), а не через название предмета, поэтому версия с говорунством кажется более правдоподобной.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: Бак → Баков → Бакова. Такая схема была распространена повсеместно, так что географически фамилия могла возникнуть в любом регионе, где бытовало прозвище Бак. Встречается она и сегодня, но не входит в число частых. Основные очаги — центральные области России, где как раз и записаны диалектные «бака».

Загадка фамилии в том, что она звучит одинаково просто, но за ней может стоять либо словоохотливый предок, либо мастеровой человек, работавший с деревом или водой. Однозначного ответа нет, но разговорная версия с «краснобаем» надёжнее подкреплена словарями русских говоров.