Фамилия Баковская — типичный пример того, как географическое название становится родовым именем. Её основа — топоним Баково или Баковка. Такие названия встречаются в разных регионах: есть, например, деревня Баково в Вологодской области, посёлок Баковка в Московской области. Суффикс -ск- в фамилии указывает на происхождение от названия места, а окончание -ая — на принадлежность к женскому роду в грамматической форме, которая со временем закрепилась за всей семьёй. Первым носителем такой фамилии мог быть помещик, владевший селом Баково, или крестьянин, переселившийся оттуда в другую местность и получивший прозвище по бывшему месту жительства.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Бако́вская. Это стандартная модель для прилагательных с суффиксом -овск-.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Бак или Бака. В русских говорах «бакой» называли большую деревянную посудину, а в переносном смысле — полного, неуклюжего человека. От такого прозвища образовалась бы фамилия Баков, а от неё, в свою очередь, через притяжательное прилагательное — Баковский (чей? — Баков). Женская форма Баковская тогда означала бы «жена или дочь Баковского». Но эта цепочка сложнее, и географическое происхождение остаётся главной версией.

Фамилия Баковская встречается реже, чем Баков или Баковский. В дореволюционных источниках она могла фиксироваться в двух вариантах: Баковская и Баковская. В современных базах данных носители сосредоточены в основном в центральной России и на Украине.

В ономастике такие фамилии называют «топонимическими» — они возникли в XV–XVII веках, когда после отмены местничества и расширения границ государства люди активно переселялись, и прозвище по названию родной деревни стало удобным способом идентификации. Баковская — одна из тех фамилий, которые прямо указывают на конкретную точку на карте, пусть и небольшую.