Фамилия Баковина — редкий случай, когда прозвище или географическое название перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ина здесь, скорее всего, не суффикс, а часть основы. То есть перед нами не «сын Баковина», а просто прозвище Баковина, которое закрепилось за родом.

Корень слова — «бак». В русских говорах у него несколько значений. Самое распространенное — «деревянный сосуд», кадка или чан. Бак на Руси делали из цельного дерева или сколачивали из клепок, в нем солили, мочили, заготавливали впрок. Человек, носивший прозвище Баковина, мог быть бондарем — мастером по изготовлению баков и бочек. Фамилии от ремесел (Кузнецов, Плотников, Бочкарёв) типичны, но Баковина — более редкая и прямая отсылка к конкретному изделию.

Вторая версия — географическая. В старых польских и белорусских записях встречается слово «баковина» как название лесного участка, вырубки или поляны, где стояли ульи-борти. В этом случае фамилия могла указывать на место жительства: человек из урочища Баковина, то есть «баковинский». Такая модель образования — без суффикса -ский, а просто по названию места — характерна для западных регионов, где смешивались русские, польские и литовские традиции.

Нельзя исключать и связь с диалектным словом «баковина» в значении «толстяк» или «увалень». В некоторых говорах так называли медлительного, тяжелого человека — по аналогии с большим неповоротливым баком. Прозвища по внешности давали часто, и они легко переходили в фамилии.

Фамилия Баковина встречается редко, преимущественно в центральных и южнорусских областях, а также среди потомков переселенцев на Урале. Судя по окончанию, она могла первоначально принадлежать женщине (вдова Баковина) или быть формой родительного падежа множественного числа (из семьи Баковин), что потом застыло в написании. В любом случае, носитель этой фамилии может с равной вероятностью вести род от бондаря, от жителя лесной пасеки или от человека с крепким телосложением — все три версии лингвистически состоятельны.