Фамилия Бакинова — женская форма, образованная от мужской Бакинов. В основе лежит либо тюркское имя Бакы, либо прозвище Баклан, претерпевшее фонетическое изменение. Разберём обе версии.

Первая, самая вероятная: корень «Бакы» восходит к арабскому «баки» (вечный, бессмертный) — одно из имён Аллаха в исламе, часто использовавшееся как личное имя. В Поволжье и Приуралье, особенно у татар и башкир, имя Бакы было распространено, а русский суффикс -ин/-ов превратил его в фамилию: Бакинов. Такая модель типична для регионов, где татарские или башкирские имена адаптировались через русскую патронимическую систему. Если предки были из Оренбуржья, Башкортостана или Татарстана, эта версия почти наверняка верна.

Вторая версия, менее очевидная: основа могла быть от прозвища Баклан (птица), но с редукцией «л» в диалектной речи — «Баклан» превратилось в «Бакан», а затем в Бакинов. Такой переход редок, но возможен в южнорусских говорах, где слово «бакан» означало «крикливый, горластый человек». Однако суффикс -ин типичен для отпрозвищных фамилий, а не для оттопонимических, что делает эту гипотезу слабее: фамилии от названий птиц обычно оканчиваются на -ов (Бакланов), а не на -ин.

География фамилии подтверждает первую версию: Бакиновы встречаются в Самарской, Челябинской областях и в Татарстане — как раз в зоне активного русско-тюркского пограничья. В дореволюционных переписях эту фамилию могли записывать как Бакиновъ, а в просторечии — Бакины (стяжённая форма, когда отчество «Бакинович» сокращалось до фамилии). Сословная принадлежность варьировалась: среди носителей были как крестьяне-старообрядцы, так и мелкие торговцы из татарского купечества, перешедшие в православие.

В современном русском языке фамилия не склоняется по падежам в женском роде (Бакинова, Бакиновой), а мужской вариант — Бакинов. Редкий случай, когда фамилия сохранила исходный тюркский корень без обрусевшего окончания «-ев», что указывает на относительно позднюю фиксацию — скорее всего, в XIX веке, когда русская администрация уже перестала «переделывать» инородческие имена на русский лад.