Фамилия Баклемышев — один из тех случаев, когда за неблагозвучным для современного уха сочетанием стоит вполне конкретное и негрубое прозвище. Вопреки возможным ассоциациям, корень здесь не «баклан» и не «баклажан», а старинное слово «баклема» или «баклемышь».

В русских говорах «баклемой» называли нечто выпуклое, горбатое, кривое — например, сучковатую палку, загогулину, а также неповоротливого, неуклюжего или упрямого человека. В словаре Даля «баклемышь» — это «крюк, крючок, закорючка». Следовательно, прозвище Баклемыш получал либо человек с характерной осанкой (сутулый, горбатый), либо обладатель неуживчивого, «закорючистого» нрава. Вторая версия, связывающая прозвище с диалектным глаголом «баклушничать» (бездельничать), менее убедительна и встречается реже.

Модель образования типична для русского простонародья: прозвище Баклемыш + притяжательный суффикс -ев. Фамилия закрепилась в формах «Баклемышев» или, реже, «Баклемишев». Интересно, что в древнерусских документах фиксируется и однокоренная фамилия Баклемишев, где корень мог восходить к тюркскому «бакламак» (смотреть, глядеть), что даёт альтернативную версию: «смотрящий, наблюдатель». Однако для фамилии Баклемышев исконно славянская этимология с «баклемой» выглядит предпочтительнее.

Социально носители фамилии не принадлежали к высшей аристократии. Это типичная фамилия служилых людей, крестьян и посадских. В XVI–XVII веках Баклемышевы упоминаются среди детей боярских и помещиков, но это средний слой служилого сословия, а не княжеские роды. Фамилия закрепилась преимущественно в центральных и северо-восточных регионах России: в старых переписях её находим в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях — там, где слово «баклема» было в ходу.

Сравните с однокоренными фамилиями: Бакланов (от «баклан» — птица или болван), Баклашин (от «баклага» — сосуд). Баклемышев стоит особняком — его основа ушла из активного словаря, и теперь фамилия звучит архаично, сохраняя память о метком народном прозвище, которое давали за внешность или характер.