Фамилия Балабанникова — женская форма мужской фамилии Балабанников. В основе лежит прозвище Балабанник, которое в русских говорах имело конкретное профессиональное значение. Слово «балабан» в диалектах означало не только шум, гам и пустого болтуна (от тюркского «балабан» — большой барабан), но и ремесленника, делавшего эти барабаны, либо музыканта, игравшего на них. Балабанниками в старину называли также скоморохов и потешников, которые ходили с большим турецким барабаном по ярмаркам. Таким образом, первый носитель фамилии Балабанников мог быть либо барабанщиком, либо изготовителем барабанов, либо просто крикливым и шумным человеком, получившим такое прозвище от односельчан.

Суффикс -ник в основе прозвища указывает на деятеля, а суффикс -ов (в мужской форме) — на принадлежность, как у многих русских фамилий, образованных от названий профессий. Интересно, что фамилия Балабанников относительно редка по сравнению с более простой формой Балабанов. Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских регионах, особенно на территории бывшей Курской и Воронежской губерний, где диалектное слово «балабан» было в ходу. Женская форма на -а не меняет смысла: она просто указывает, что речь идет о дочери, жене или вдове Балабанникова.