Фамилия Балабохин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Балабохин буквально означает «сын (или потомок) Балабохи». В центре фамилии — прозвище или некалендарное имя Балабоха.

Корень здесь — «балабол» или «балабошить». В русских говорах «балабоха» — болтун, пустомеля, человек, который говорит много и не по делу. В. И. Даль фиксирует слово «балабонить» — болтать, пустословить, а также «балабон» — колокольчик, погремушка (отсюда и значение «шумный, звенящий»). Таким образом, прозвище Балабоха могли дать говорливому, суетливому человеку или тому, кто постоянно шумит и привлекает внимание.

Интересна и менее очевидная версия: в некоторых регионах «балабохой» называли не только болтуна, но и большую буханку хлеба или каравай (от диалектного «балабка» — ком, шар). В этом случае прозвище могло достаться пекарю или просто плотному, круглолицему человеку. Но первая версия — от глагола «балабошить» — выглядит убедительнее, так как звукоподражательная основа «бал-» типична для прозвищ по речевому поведению (сравните: Балакин, Баламутов, Балашов).

Фамилия редкая, географически тяготеет к центральным и южным областям России. Встречается в старых документах по Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям. Поскольку суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на коллектив (как -их/-ых), фамилия скорее всего сформировалась в среде служилых людей или крестьян, а не в северных общинах с архаичной формой на -их. Социальный статус первых носителей был, вероятно, самым простым: прозвища, данные по характеру, редко давали дворянам, но вполне могли закрепиться за крестьянином или ремесленником.