Фамилия Балабушко — украинская по происхождению, что видно по типичной для украинской ономастики модели: суффикс -ушк- и конечное -о. В основе лежит прозвище Балабушка, а оно, в свою очередь, восходит к слову «балабошка». Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» зафиксировал у этого слова два основных значения, и оба могли дать начало фамилии. Первое, бытовое: «пышки, оладьи, караваи с конопляным соком». Здесь Балабушкой могли прозвать любителя такой выпечки, а ещё вероятнее — пекаря или торговца мучными изделиями. Второе значение, переносное: «говорун», «балагур», «шалун», «острослов» — от глагола «балаболить», то есть болтать без умолку. В этом случае прозвище отражало характер: весёлый, словоохотливый, задорный человек.

Замена гласного «о» на «у» в корне (балабошка → балабушко) — результат исторических фонетических процессов, нередких в украинских говорах. Сама фамилия закрепилась в документах. В Книге памяти Томской области есть запись о кузнеце Балабушко Григории Афанасьевиче, 1905 года рождения, из села М-Брагино Шегарского района. А в Книге памяти Краснодарского края упомянут украинец Балабушко Николай Григорьевич, родившийся в 1876 году в Черниговской области. Эти две записи показывают географию расселения: фамилия встречалась как в Сибири (куда носители могли переселиться в ходе аграрных реформ), так и на юге России, куда уходили с Украины. Какую из двух версий — «пекарскую» или «говорливую» — выбрать для своего предка, каждый решает сам, но обе укладываются в живую народную традицию давать прозвища по занятию или по характеру.