Фамилия Балаганин образована от прозвища Балаган. В основе лежит слово «балаган» — так называли временное дощатое строение для торговли, склада или ремесла, а также навес или сарай. Чаще всего прозвище Балаган давали торговцу, который работал в таком помещении, или человеку, содержавшему ярмарочный балаган с представлениями. В южных говорах балаганом называли пристанище под кровлей для рабочих и сторожей — эта версия тоже возможна для прозвища.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Балаганин — «сын Балагана» или «из семьи Балагана». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на согласный.

Есть и бытовая версия: балаганом в переносном смысле могли назвать большую, шумную семью или беспорядочное хозяйство. Если человек жил «как в балагане», прозвище могло закрепиться за ним и перейти к потомкам.

Фамилия Балаганин встречается редко. В дореволюционных источниках её носители фиксируются в основном в центральных и южных губерниях России, что согласуется с географией слова «балаган» в его торговом и строительном значении. Однокоренные фамилии — Балаганов, Балагаев, Балаганский — образованы от той же основы, но с разными суффиксами и моделями.