Фамилия Балаганин — типичный пример «профессиональной» русской фамилии, образованной от прозвища Балаган. Основа здесь — слово «балаган», которое в старину имело куда более широкий, чем сегодня, круг значений. Это не только временное строение для ярмарочных представлений, но и вообще любое дощатое сооружение: сарай, навес, торговая лавка, а в южных говорах — даже простой навес для рабочих.

Кем же был первый Балаганин? Скорее всего, торговцем, который держал лавку или склад под навесом. Но возможна и вторая, более колоритная версия: прозвище мог получить хозяин ярмарочного балагана — тот самый, что зазывал публику на комедийные представления. Третья, менее очевидная гипотеза, связывает прозвище с большой и шумной семьёй, которую в насмешку сравнивали с ярмарочным шатром. Из трёх версий первая (торговец) и вторая (владелец балагана) выглядят наиболее убедительными, так как прямо указывают на род занятий.

Морфология фамилии проста: к основе «Балаган» добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Балагана» или «человека из дома Балагана». Такая модель — одна из самых распространённых в центральной России. Точное место, где фамилия возникла впервые, назвать сложно: процесс шёл веками и независимо в разных губерниях. Однако можно предположить, что корни её — в торговых или ремесленных слободах, где слово «балаган» было на слуху каждый день.