Фамилия Балдуева хранит память о прозвище дальнего предка, но её происхождение неоднозначно и уходит корнями в народную речь. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Обалдуев или Абалдуев, где начальный гласный со временем отпал. В основе лежит прозвище Обалдуй (или Балдуй), которое в словаре В. И. Даля связывается с «оболдуем» — невежей, глуповатым или простоватым человеком. Так могли назвать кого-то за грубость, наивность или неграмотность, и это указание на характер закрепилось в роду.

Однако есть и вторая версия. Прозвище могло образоваться напрямую от слова «балда», но его значение различалось по регионам. В вологодских говорах «балда» означала «долговязый, неуклюжий», в рязанских — «баламут». Кроме того, на севере «балдой» называли плотника или того, кто работает с балдой — тяжёлым молотом. То есть прозвище могло указывать не на характер, а на ремесло или внешность.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Балдуев — «сын Балдуя» или «из рода Балдуя». Так прозвище, данное одному человеку, перешло к его потомкам и стало фамилией, сохранив связь с народной лексикой и бытом предков.