Фамилия Баленко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко, который означает «сын» или «потомок». Иными словами, Баленко — это «сын Бали».

В основе фамилии лежит прозвище Бала. Скорее всего, оно восходит к украинскому слову «бала» — «балбес», «увалень». Такое прозвище указывало на определённые особенности характера предка: медлительность, простодушие, возможно, некоторую нерасторопность. Прозвища по характеру были широко распространены в среде казачества и крестьянства, где меткое слово легко прикреплялось к человеку и переходило в фамилию.

Существует и другая версия, менее правдоподобная. Согласно ей, в основе фамилии лежит слово «балiя» — «лохань», то есть широкий и низкий сосуд для стирки белья. В этом случае прозвище Бала мог получить бондарь, делавший такие лохани, или же просто человек, которого за сходство с этим предметом прозвали. Однако связь характера с прозвищем «увалень» выглядит более естественной и распространённой в народной ономастике.

Фамилия Баленко органично вписывается в ряд украинских фамилий на -енко, которые в XVI–XVII веках стали массово вытеснять именования без суффикса. Сначала прозвище Бала, присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а затем закрепилось за потомками. Сегодня фамилия встречается преимущественно на востоке Украины и в южных регионах России, куда переселялись носители в XIX–XX веках.