Фамилия Баликовская — типичный пример «географической» фамилии, образованной по модели, характерной для польской, украинской и белорусской шляхты. Суффикс -ская/-цкая указывает на происхождение от названия места: села, усадьбы или хутора. В основе фамилии лежит топоним Баликово (или Баликов), а тот, в свою очередь, восходит к прозвищу или имени Балик. Скорее всего, Балик — это уменьшительная форма от канонического имени Валентин или Валаам, либо прозвище от диалектного «балик» — «баловень, шалун» (в южнорусских говорах), а также «рыбак» (от тюркского «балык» — рыба, через украинское влияние). Вторая версия менее вероятна, но не исключена для приграничных регионов.

Фамилия Баликовская встречается в основном на западе бывшей Российской империи: в современных Беларуси, Польше и на Украине. В дореволюционных документах носители фамилии фиксировались среди мещан и крестьян Гродненской, Минской и Волынской губерний. Встречается и вариант Баликовский — мужская форма, которая со временем закрепилась за родом, а женская (Баликовская) стала фамилией по мужу или отцу. В польской ономастике фамилия Balikowska считается вполне распространённой, особенно в Малопольше и Подляшье.

С точки зрения словообразования, фамилия Баликовская стоит в одном ряду с такими как Барановская, Ковалевская, Петровская — все они указывают на родовое гнездо. Предок, получивший эту фамилию, скорее всего, владел землёй или жил в деревне Баликово, а его потомки, переезжая, сохраняли память о месте выхода. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ин, фамилии на -ский в крестьянской среде были редкостью до XIX века, поэтому Баликовская — вероятный признак шляхетского или мещанского происхождения, даже если род обеднел и перешёл в податное сословие.