Фамилия Баликян — редкий для России пример армянской фамилии, которая в исходном виде сохранила родовой суффикс -ян, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». В русской среде такие фамилии не склоняются, а их носители почти всегда имеют армянские корни. Основа фамилии — «Балик» — это армянское слово с двумя разными значениями, и выбор между ними зависит от того, в какой местности жили предки.

Первое и самое вероятное значение — «утка» (балик в армянском). Прозвище Балик могли дать человеку за походку, голос или любовь к воде. В армянской ономастике прозвища от названий птиц встречаются часто, но не так массово, как, например, от профессий. Вторая версия — от тюркского «балик» (рыба), которое могло попасть в армянский через соседние диалекты. В этом случае предок мог быть рыбаком или торговцем рыбой. Оба корня возможны, но птичья версия выглядит более органичной для армянского словообразования, так как тюркские заимствования чаще давали бы форму «Балыкян».

Суффикс -ян — классический армянский патронимический показатель, аналог русского -ов/-ев. Фамилии на -ян начали массово оформляться в Западной Армении (территория современной Турции) и в восточных областях исторической Армении. Баликян — фамилия, которая могла возникнуть и в Западной, и в Восточной Армении, так как слово «балик» общеармянское. В Российской империи армяне, переселяясь в города, часто сохраняли фамилию без переделки, поэтому Баликян — не русифицированный вариант, а прямой перенос.

Социальный статус предков установить сложно: прозвище от птицы или рыбы не указывает на знатное происхождение, скорее на бытовую среду — крестьянскую или ремесленную. В армянской среде фамилии на -ян носили все сословия, но дворянские роды часто использовали приставку «-янц» или более сложные формы. Баликян — фамилия народная, без аристократического оттенка. Встречается она в основном в Армении, а также в диаспоре, в том числе в России, Грузии и странах Ближнего Востока.