Фамилия Балхажинов — редкая, и её разбор сразу упирается в географию и этнический контекст. Скорее всего, она имеет тюркское или монгольское происхождение, а её носители — потомки выходцев из Центральной Азии или Южной Сибири. Основа фамилии — «Балхажи» или «Балхаджи». В этом корне можно увидеть имя Балхаш — так называется крупное озеро в Казахстане, и в прошлом это слово могло стать личным именем или прозвищем человека, жившего у этого водоёма. Но есть и другая версия: «балха» в некоторых тюркских языках означает «грязь», «болото» или «топь», а суффикс «-жи» (-джи) указывает на профессию или род занятий — примерно как русское «-щик». Тогда «балхажи» — это «тот, кто работает в грязи» или «житель болотистой местности». Вторая версия правдоподобнее, потому что модель «основа + -жи» типична для тюркских прозвищ, обозначающих человека по его делу или месту.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в данном случае присоединился к тюркской основе. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным инородцем или вошёл в русское сословие (казачество, крестьянство) в XVIII–XIX веках. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или гласный — в русской традиции так оформляли фамилии от прозвищ на «-а», «-я»: Балхажа → Балхажин. Удвоение «ж» и добавление «-ов» в конце (Балхажинов) — это уже более поздняя русификация, когда фамилию подогнали под привычное звучание.

Географически фамилия Балхажинов встречается в основном в Казахстане и в приграничных регионах России (Оренбургская, Челябинская области, Алтай). Носители могли быть казахами, башкирами, татарами или калмыками, перешедшими в православие. В документах XIX века такая фамилия могла фиксироваться у казаков Оренбургского или Сибирского казачьего войска — среди них было много выходцев из тюркской среды.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Балханов, Балхашев, Балхажин) показывает, что Балхажинов — самая редкая форма. Она сохранила исходную профессиональную или локальную привязку, которая со временем стёрлась. Споров о происхождении здесь немного: обе версии (от озера и от «болота») ведут в одну степную и полукочевую среду, где географические названия и бытовые прозвища легко переходили в родовые имена.