Фамилия Балобеев — редкий пример, где корень почти наверняка звукоподражательный, а не от имени или профессии. В её основе лежит глагол «балаболить» — говорить без умолку, болтать вздор. В диалектах встречается форма «балоболить» с тем же значением, и именно от неё образовано прозвище Балобей (или Балобой) — пустомеля, говорун. Суффикс -еев указывает на принадлежность: Балобеев буквально значит «сын Балобея».

Интересно, что фамилия не попала в «Ономастикон» Веселовского и не фиксируется в ранних московских документах — это говорит о её более позднем и, скорее всего, крестьянском или мещанском происхождении. В отличие от фамилий на -ов/-ев от канонических имён (Иванов, Петров), Балобеев образована от прозвища, которое давали за манеру речи. Такие фамилии часто возникали в среде, где человека характеризовали по поведению, а не по родству с уважаемым предком.

Встречается написание «Балобаев» — с буквой «а» во втором слоге. Это не ошибка, а отражение «акающего» произношения: в безударной позиции «о» звучит как «а». В документах XIX века, особенно из южнорусских и среднерусских губерний, оба варианта могли сосуществовать, хотя этимологически верным считается именно Балобеев — от «балаболить».

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна однокоренные Балаболкин и Балабошин выделены в группу прозвищ по речевой характеристике. Балобеев — из того же гнезда, но с менее распространённым суффиксом -ей, что делает фамилию более редкой и локальной.