Фамилия Балобенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок» (аналог русского -ов/-ев). Балобенко, таким образом, изначально — «сын Балобана».

Основа фамилии — прозвище Балобан. В украинских говорах «балобан» — это крупный сокол, кречет. Птица смелая, хищная, стремительная. Прозвище могли дать человеку за схожие качества: зоркость, напористость, властность или даже за громкий, резкий голос. Встречается и переносное значение — «балобаном» в некоторых регионах называли болтуна или пустомелю, но это значение менее вероятно как источник фамилии: прозвища по птицам в восточнославянской ономастике очень часты и почти всегда несут положительную или нейтральную характеристику.

Слово «балобан» тюркского происхождения (сравните с казахским «балабан» — большой сокол). Это указывает на возможные контакты предков носителя фамилии со степными народами или на бытование этого слова в казачьей среде, где охота с ловчими птицами была известна.

Фамилия Балобенко почти не встречается за пределами Украины и юга России, что подтверждает её региональное происхождение. В отличие от фамилий на -ов, которые могли получить крестьяне при переписи от имени отца, фамилии на -енко долгое время оставались неофициальными, семейными прозваниями и закрепились в основном в казачьих и мещанских родах. Поэтому предки Балобенко с высокой вероятностью были запорожскими или слободскими казаками, либо выходцами из крестьян, получившими фамилию по прозвищу родоначальника.

Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог (Балобе́нко), что характерно для украинской акцентологической нормы — суффикс -енко в таких фамилиях чаще всего ударный. Если бы фамилия была великорусской, ударение сместилось бы на третий слог (Балобенко́), но такой вариант в современных источниках не фиксируется. Это ещё один аргумент в пользу украинского происхождения.