Фамилия Балуев — одна из тех русских фамилий, где прозвище предка говорит само за себя. В её основе лежит слово «балуй»: так в старину называли баловника, озорника, шаловливого ребёнка. Человек с таким прозвищем, скорее всего, выделялся живым, непоседливым нравом — не со зла, а по молодости или характеру. Потомки закрепили это прозвище фамильным суффиксом -ев, и получилось Балуев — «сын Балуя».

Версия о связи с грибом валуй (в ярославских говорах — балуй) менее вероятна. Прозвища по названиям грибов встречаются, но гораздо реже, чем по чертам поведения. К тому же «балуй» в значении «шалун» — слово живое, бытовое, которое легко приставало к человеку в деревне или городской слободе.

Фамилия Балуев входит в круг фамилий на -ев, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -й. Такая модель — одна из самых продуктивных в русской ономастике: от Балуя — Балуев, от Болтуя — Болтуев, от Ворчуя — Ворчуев. Суффикс -ев указывал на принадлежность: чей? — Балуев.

Точное место и время возникновения фамилии не установлены: процесс фамилизации на Руси шёл несколько столетий, и в разных регионах мог проходить по-разному. Однако можно предположить, что фамилия Балуев раньше всего закрепилась в северных и центральных русских землях, где слово «балуй» было особенно ходовым.

В дореволюционных переписях фамилия Балуев встречается среди крестьян и мещан — сословий, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено, что тоже говорит о её народном, неискусственном происхождении.