Фамилия Бараболкин ведет происхождение от прозвища Бараболка. Самая вероятная версия связывает его с украинским словом «бараболя» — картофель. Прозвище могли дать крестьянину, который занимался разведением картофеля на продажу. Культура вошла в широкий обиход после указа Сената 1765 года, когда при Екатерине II в страну завезли семенной картофель и разослали по губерниям. Так что предок-Бараболкин мог быть одним из первых огородников, взявшихся за новую культуру.

Есть и вторая версия, опирающаяся на диалектный глагол «барабать». В вятских говорах он означал «разрывать, копать, перебирать руками, рыться». Если принять эту гипотезу, прозвище Бараболка мог получить земледелец или пахарь — человек, постоянно копавшийся в земле.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели притяжательного прилагательного с суффиксом -ин. Вопрос «чей?» давал ответ «Бараболкин» — то есть сын или потомок Бараболки. Примечательно, что фамилия эта довольно редкая: она не входит в число массовых, а её носители сконцентрированы преимущественно в южных и центральных областях России, где украинское влияние на диалекты было сильнее.