Фамилия Барбакарь нечасто встречается, и её происхождение не лежит на поверхности. У неё есть как минимум две основные версии, и обе ведут в юго-западные регионы, где переплетались славянские и романские языки.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с румынскими (молдавскими) корнями. Прозвище Барбакар могло образоваться от двух слов: barbă («борода») и car («носить»). Буквально — «бородоносец», то есть бородач. Такое прозвище было естественным для человека, который выделялся окладистой бородой. Мягкий знак на конце («Барбакарь» вместо «Барбакар») — это, скорее всего, результат украинского влияния на произношение: в украинском языке смягчение конечного «р» в фамилиях встречается часто.

Вторая версия отталкивается от военного дела. Она выводит фамилию от украинского слова «барбакан» — так называли навесную башню или укреплённое здание, которое защищало мост или въезд в крепость. В этом случае Барбакарем могли прозвать военного, часового или сторожа, который нёс службу именно в такой башне. Слово «барбакан» попало в украинский из тюркских языков, а в европейскую фортификацию — из арабского.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Барбакарь — типичное прозвище, которое закрепилось без добавления суффикса принадлежности (-ов, -ин). Такие «чистые» фамилии характерны для украинской и молдавской традиций. В русском языке их часто русифицировали, меняя окончание, но здесь этого не произошло.

Обе версии имеют право на существование, но первая (от «бородача») выглядит проще и естественнее: прозвища по внешности давали чаще, чем по редкой и специфической должности. Выбор между ними зависит от того, в какой именно местности и в какой среде фамилия появилась у конкретной семьи.